学会下设办公室、10个工作委员会和2个专业委员会。

10个工作委员会：组织、学术、出版伦理与道德、教育、国际交流与合作、青年、地方、政策咨询与发展、网络化、科普

2个专业委员会：医学期刊、民族期刊

各组织机构负责人名单
组织工作委员会主任：方梅
学术工作委员会主任：武文
出版伦理与道德工作委员会主任：饶子和
教育工作委员会主任：姚希彤
国际交流与合作工作委员会主任：彭斌
青年工作委员会主任：任延刚
地方工作委员会主任：王亨君
政策咨询与发展工作委员会主任：郭志明
网络化工作委员会主任：曾建勋
科普工作委员会主任：俞敏
医学期刊专业委员会主任：姜永茂
《编辑学报》主编：陈浩元